Анатомические структуры ЖКТ формируются между 2-й и 12-й неделями внутриутробного развития. С 16-20-й недели начинается функционирование системы как органа пищеварения: плод заглатывает и переваривает большое количество амниотической жидкости (в конце внутриутробного периода — до 450 мл в сутки), которая по составу близка к внеклеточной жидкости и служит для плода дополнительным источником питания.

Пищеварительная система у доношенного новорождённого характеризуется относительной функциональной незрелостью. Характерна малая ёмкость ротовой полости и желудка, незначительное содержание в слюне специфических ферментов (амилаза, мальтоза), слабая переваривающая способность желудка. Желудок находится в состоянии физиологического гипертонуса. Кардиальный отдел желудка развит слабо, а пилорический — хорошо, что создаёт предпосылки к возникновению срыгивания при перекармливании и заглатывании ребёнком воздуха. Моторика желудка у новорождённых замедлена, перистальтика вялая. Срок эвакуации пищи из желудка зависит от вида питания. Женское молоко находится в желудке ребёнка 2-3 ч, а адаптированные смеси — 3-4 ч, что свидетельствует о трудностях переваривания последних и необходимости перехода на более редкие кормления.

Кислотообразование в желудке новорождённого низкое. Сразу после рождения происходит кратковременное «закисление» (за счёт молочной кислоты) среды желудка (рН=2,0), выполняющее барьерную роль при становлении биоценоза ЖКТ с последующим установлением рН на уровне 4-6. В желудке функционируют лишь две фракции пепсинов: химозин и гастраксин, а также желудочная липаза, которые адаптированы к низкому уровню интрагастральной кислотности.

Функциональные возможности поджелудочной железы ограничены. Липолитическая активность пищеварительных соков обеспечивает липолиз жира грудного молока. Отмечают низкие показатели активности панкреатической амилазы и липазы.

Длина тонкой кишки относительно роста у новорождённых на треть больше, чем у взрослых. Тонкий кишечник — основной орган, принимающий участие в переваривании и всасывании пищи. Активность лактазы в 10 раз выше, чем у взрослых.

Наряду с полостным, мембранным и симбиотическим (бактериальным) пищеварением у новорождённых важную роль играет пиноцитоз — форма внутриклеточного пищеварения и везикулярного всасывания, характерная для неонатального периода. У новорождённых проксимальный отдел тонкой кишки в осуществлении переваривания и всасывания функционально более активен, чем дистальный.

Ребёнок рождается со стерильным ЖКТ. Асептическая фаза длится 10-20 ч, затем наступает фаза «заселения» микроорганизмами. Лактобактерии преобладают в верхних отделах ЖКТ. Бифидофлора заселяет кишечник к концу 1-й недели жизни и достигает содержания 108-109 КОЕ/г.

Нормальный биоценоз и барьерную функцию кишечника поддерживают иммуноглобулины, лизоцим и ряд других защитных факторов материнского молока. В случае перевода ребёнка на искусственное или смешанное вскармливание возрастает представительство кишечной палочки и энтерококков, а количество бифидобактерий снижается. Раннее прикладывание ребёнка к груди делает менее вероятной патологическую колонизацию микробами.